Mamlaka zimesema waumini 5,000 walikuwa ndani ya kanisa la Coptic Abu Sifin, katika mtaa wa Imbaba wakati moto huo ulipoanza.
Shirika la habari la Reuters limeripoti kuwa kulitokea mkanyagano na wengi wa waliouawa walikuwa watoto.
Mashahidi walionukuliwa na shirika la habario la AFP waklisema moto huo ulisabishwa na hitilafu ya umeme.
Rais wa nchi hiyo Abdel Fata el Sisi aliandika kwenye ukurasa wake wa Facebook kwamba alikuwa ameziagiza huduma za serikali kuhakikisha kwamba hatua zote zinazohitajika zimechukuliwa.
Misri, yenye miundombinu iliyochakaa na kutotunzwa vizuri, imekumbwa na majanga kadhaa ya moto katika miaka ya hivi karibuni.
Mnamo mwezi Machi 2mwaka 021, takriban watu 20 walikufa kutokana na moto katika kiwanda cha nguo kwenye kitongoji cha mashariki mwa Cairo.
Hapo mwaka wa 2020, moto wa hospitali mbili ulisababisha vifo vya wagonjwa 14 wa Covid-19.
Jumatatu iliyopita kanisa moja lilishika moto katika wilaya ya mashariki ya Cairo ya Heliopolis, ingawa hakuna vifo au majeruhi yaliyoripotiwa.