Wakati Abdel Fattah al-Burhan akiondoka nchini kuelekea Misri, madaktari na mashahidi wamesema raia 39 waliuawa, wengi wao wakiwa wanawake na watoto, katika shambulio la makombora huko Nyala, mji wa pili katika jimbo la Darfur Kusini ambako mapigano kati ya jeshi na wanamgambo yamepamba moto.
Ni ziara ya kwanza ya Burhan nje ya Sudan tangu kuzuka kwa mzozo kati yake na kikosi cha dharura cha Rapid Support Forces (RSF) katikati mwa mwezi Aprili.
Taarifa ya jeshi imesema mazungumzo yao yatajumuisha matukio ya hivi karibuni nchini Sudan na uhusiano kati ya Sudan na Misri.
Mwezi Julai, El-Sissi aliongoza mkutano wa nchi jirani na Sudan ambao ulipendekeza mpango wa kusitisha mapigano.
Makubaliano kadhaa ya kusitisha mapigano hayakudumu.