Amri hiyo itatekelezwa kadi Desemba tarehe 17.
Awali kulikuwa na amri kama hiyo ya siku 21 kuanzia Oct 15, na ilimalizika Nov 5.
Museveni amesema kwamba hatua hiyo imechukuliwa ili kuhakikisha kwamba mafanikio ambayo yamepatikana kufikia sasa katika kukabiliana na mlipuko wa Ebola, yanaendelea na kuhakikisha kwamba hakuna kabisa maambukizi ya virusi hivyo nchini humo katika muda wa siku chache.
Serikali imesema kwamba hakuna maambukizi mapya yameripotiwa katika wilaya hizo mbili
Watu 141 wamethibitishwa kuambukizwa Ebola nchini Uganda. 55 wamefariki tangu Septemba 20 mlipuko uliporipotiwa.
Hakuna chanjo dhidi ya virusi vya Ebola aina ya Sudan vinavyoripotiwa Uganda.