Israeli iliwahi kumshtumu mwanasayansi huyo kwa kuhusika na mpango wa kisiri wa kuunda silaha za nyuklia.
Fakhrizadeh alifariki hospitali baada ya kushambuliwa mjini Absard, katika kaunti ya Damavand.
Rais wa Iran Hasan Rouhani ameilaumu Israel kwa mauaji hayo akisema ni dhihirisho la wazi la kiwango cha chuki na kubabaika kwa maadui wa Iran.
Rouhani alisema Jumamosi kwamba serikali yake italipiza kisasi kufuatia mauaji ya mwanasayansi huyo, yaliyotokea nje ya mji mkuu wa Tehran siku ya Ijumaa.
"Kwa mara nyigine tena, mikono ya maadui wa ulimwengu waliojawa na kiburi umetuulia mtu wetu," Rouhani alisema katika taarifa, kwa mujibu wa televisheni ya kitaifa.
Rais huyo hata hivyo alisema kuuawa kwa mwanasayansi huyo, hakutalemaza juhudi za Iran za kwendelea na mpango wake wa kuimarisha uzalishaji wa nyuklia, suala ambalo, kwa miaka kadhaa sasa, limeibua changamoto za diplomasia ya kimataifa.
Wakati huo huo, Hossein Dehghan, mshauri wa kijeshi wa kiongozi mkuu wa kidini wa Iran Ayatollah Ali Khamenei, ameapa "kuwashambulia walitekeleza mauaji hayo kama radi."